18 jan 2014

Výskyt CFTR mutácii v Čechách a porovnanie s okolitými krajinami

Autor: | Kategória: O cystickej fibróze | 0

V septembrovom vydaní Journal of Cystic Fibrosis boli publikované výsledky výskumu viacerých autorov, ktorí analyzujú distribúciu CFTR mutácii v českej populácii [1]. Výskum prebiehal najmä na Univerzitnej nemocnici v Motole, ale podieľali sa na ňom aj vedci zo Slovenska a Nemecka.

Jedná sa o súhrnnú štúdiu, ktorá zahŕňala 600 CF pacientov z Českej republiky (ČR), pričom bolo identifikovaných 99,5 % mutácii v českej pacientskej populácii. Česká populácia je značne homogénna (bez významnejšieho vplyvu prisťahovalectva) a reprezentatívna pre ostatné stredoeurópske populácie. Výskyt CF je v ČR na základe výsledkov novorodeneckého skríningu odhadovaný na 1:4023 živo narodených detí.

Vzorky boli analyzované pomocou komerčného genetického kitu (Elucigene CF-EU2v1), ktorým bolo zachytených 90,5 % mutácii. Pre vzorky, u ktorých nebol kit schopný identifikovať mutáciu, bolo použité DNA sekvenovanie. Celkovo bolo zistených 91 mutácii, pričom bolo objavených 20 nových mutácii, resp. nových variant. Z výsledkov je zrejmé, že tak ako vo väčšine CF populácii, je dominantnou mutáciou F508del a malý počet rozšírenejších mutácii dopĺňa veľké množstvo málo rozšírených až vzácnych mutácii.

 

Na základe analýzy bolo určené nasledovné zastúpenie jednotlivých mutácii v CF pacientskej populácii v ČR (uvedených je 30 najrozšírenejších):

Poradie Mutácia Zastúpenie v %
1 F508del 67,42
2 CFTRdele2,3/21kb/ 5,75
3 G551D 2,92
4 N1303K 2,42
5 G542X 2
6 3849+10kbC>T 1,67
7 1898+1G>A 1,42
8 R347P 0,92
9 2143delT 0,92
10 3272-26A>G 0,67
11 I336K 0,58
12 W1282X 0,58
13 R553X 0,5
14 2789+5G>A 0,5
15 S945L 0,5
16 574delA 0,42
17 621+1G >T 0,42
18 2184insA 0,42
19 3141del9 0,42
20 Y122X 0,33
21 E292K/R709Q 0,33
22 1717-1G>A 0,33
23 D1152H 0,33
24 R1162X 0,33
25 4374+1G>T 0,33
26 R334W 0,25
27 CFTRdele13,14a 0,25
28 3600+2insT 0,25
29 CFTRdup19 0,25
30 CFTRdele22,23 0,25

Nasledovná tabuľka porovnáva distribúciu najrozšírenejších mutácii s okolitými krajinami:

Mutácia ČR Slovensko Bavorsko Poľsko
F508del 67,42 66,8 74 57
CFTRdele2,3/21kb/ 5,75 2,26 1,2 1,8
G551D 2,92 <0,50 6,4 0,5
N1303K 2,42 2,03 2,4 1,8
G542X 2 4,06 3,2 2,6
3849+10kbC>T 1,67 4,28 N/A 2,7
1898+1G>A 1,42 <0,50 N/A N/A
R347P 0,92 1,1 0,8 N/A
2143delT 0,92 1,1 N/A N/A
3272-26A>G 0,67 <0,50 N/A N/A

Porovnanie distribúcie piatich najrozšírenejších mutácii:

cftr graf

Charakteristika výskytu najčastejších mutácii:

F508del – celosvetovo najrozšírenejšia CF mutácia, dominantná takmer vo všetkých CF populáciách

CFTRdele2,3/21kb/ – “slovanská“ mutácia, najrozšírenejšia je vo východnej Európe

G551D – “keltská“ mutácia, častejšie sa vyskytuje v západnej Európe a následkom vysťahovalectva tiež v USA

G542X – “stredomorská“ mutácia

[1] Krenkova P. et al.; Distribution of CFTR mutations in the Czech population: Positive impact of integrated clinical and laboratory expertise, detection of novel/de novo alleles and relevance for related/derived populations; Journal of Cystic Fibrosis; Vol 12 (2013); 532-537