Sekvencovanie DNA „super baktérie“ u pacientov s cystickou fibrózou

Kategória: Lieky a liečba | 0

Baktéria s názvom Pseudomonas aeruginosa je najčastejšou príčinou persistentných a fatálnych infekcií u pacientov s cystickou fibrózou. Vedci v Liverpoole identifikovali zvlášť virulentný kmeň baktérií, prenosných medzi pacientov. Liverpoolsky   epidemický kmeň (LES), označovaný ako „superbug“ („super baktéria“, odolná voči antibiotikám), môže spôsobiť agresívnu infekciu a viesť k progresívnemu oslabeniu pľúcnych funkcií.

Výskumný tím z Inštitútu infekčných chorôb a celosvetového zdravia Liverpoolskej univerzity odobral pacientom vzorky zo spúta a  výterov, aby pochopil, prečo je infekcia u ľudí s cystickou fibrózou taká agresívna. Zistilo sa, že v priebehu chronických infekcií tieto baktérie dokážu rýchlo mutovať, čo má za následok obrovskú rôznorodosť. Testy tiež ukázali, že baktérie produkujú molekulu, ktorá by mohla byť spúšťačom záchvatov akútnej infekcie u pacientov.

Dr. Craig Winstanley, člen Biomedicínskeho výskumného centra (BRC) Národného ústavu pre medicínsky výskum (NIHR) v Liverpoole, vysvetľuje: „ Pacienti s LES musia byť v nemocniciach oddelení od ostatných pacientov, aby sa na oddeleniach infekcia nešírila medzi pacientmi s cystickou fibrózou.  Ako náhle tieto infekcie vzniknú, nikdy sa ich už nemožno zbaviť. Zistili sme, že tieto baktérie majú schopnosť diverzifikácie do stoviek rozdielnych podtypov, v dôsledku čoho je veľmi ťažké rozhodnúť, ktoré antibiotikum by sa malo použiť , aby výsledok bol úspešný.

„Pomocou najnovšej technológie sekvencovania DNA máme jedinečnú príležitosť skúmať správanie baktérií v priebehu chronickej infekcie v reálnom čase. To nám umožní získať jasnejší obraz o tom, ako sa baktéria tak efektívne adaptuje na pacientov s cystickou fibrózou. Ak pochopíme, ako a prečo sa baktéria správa určitým spôsobom, budeme schopní  vybrať efektívnejšie postupy liečby tejto infekcie“.

Pri výskumnej práci s vedeckými pracovníkmi  v Centre pre výskum genómu (CGR) Liverpoolskej univerzity, tím použije novú technológiu sekvencovania DNA na prečítanie genetického kódu infekcie. Ako prvý svojho druhu vo Veľkej Británii pracuje stroj 250 000 razy rýchlejšie ako technológia použitá na sekvencovanie ľudského genómu pred 10 rokmi.

Dr. Steve Paterson z Inštitútu integratívnej biológie Liverpoolskej univerzity, povedal: „Každý pacient s cystickou fibrózou môže byť infikovaný odlišnou populáciou baktérií a preto je kľúčové testovať vzorky choroby od viacerých pacientov, aby sme pochopili, ako sa vyvíja. Technológia, ktorú používame, je schopná prečítať 30 biliónov znakov reťazca DNA denne, v porovnaní so štyrmi biliónmi, ktoré prečítame s pomocou dnešných strojov. To nám umožní  veľmi presne preskúmať mutácie tejto infekcie a získať tak cenné informácie o vývoji tohto vážneho zdravotného stavu.“

Poznámky:
Výskum financuje Wellcome Trust.
Tento výskum nadväzuje na univerzitnú štúdiu o Pseudomonas aeruginosa, publikovanú v časopise American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. Výskum, vykonaný v spolupráci s Dr. Martinom Walshawom z Liverpool Heart and Chest Hospital, podporili Dr. Hadwen Trust a NIHR prostredníctvom Liverpool Biomedical Research Centre.

Zdroj:
Samantha Martin University of Liverpool
http://www.medicalnewstoday.com/articles/217182.php